João Cidade Duarte nasceu em 08 de março de 1495, em Montemor-o-Novo, próximo de Évora, Portugal. Seu pai era vendedor de frutas, e a família modesta. Aos oito anos, não se sabe ao certo se fugiu ou se foi levado de casa, e conta-se que por isso sua mãe morreu de tristeza e saudade pouco depois. O pai viúvo se fez monge franciscano em Xabregas, Lisboa, falecendo em 1520.
Sabe-se que João foi levado a pé para Madri, Espanha, caminhando com saltimbancos e mendigos. Perto da cidade de Toledo, um viajante o entregou a Francisco Majoral, administrador dos rebanhos do Conde de Oropesa, afamado por ser caridoso. Nessa época, o menino recebeu o apelido de “João de Deus”, porque ninguém sabia quem ele era e de onde vinha. Ali João foi acolhido quase como filho e trabalhou como pastor de ovelhas. Por volta dos seus 27 anos, Francisco quis casá-lo com sua própria filha, mas João não desejava isto. Sem saber o que fazer, fugiu e iniciou uma vida errante pela Europa e África.
Em seguida, ingressou no exército de Carlos V, participando da reconquista de Fuenterrabía contra os franceses. Durante o serviço militar, teve desentendimentos na tropa, foi acusado de irregularidades e expulso. Retornou a Oropesa, onde trabalhou novamente como pastor até 1532, quando se alistou novamente para combater os turcos em Viena. Mas, em 1533, retornou a Montemor-o-Novo, onde não foi reconhecido. Afinal, um tio lhe comunica a morte dos pais; segue então para Sevilha, Espanha, onde novamente trabalhou como pastor.
Muda-se para Ceuta, à época cidade lusitana no norte da África, servindo heroicamente a uma família portuguesa de seis pessoas, exilada e adoentada, sustentando-a com seu trabalho nas obras de fortificação das muralhas da cidade. Teve uma crise espiritual quando um amigo decidiu abraçar o islamismo, decidindo voltar para a Espanha. Assim, em 1538 vende livros como ambulante em Gibraltar, estabelecendo depois uma livraria em Granada. Apaixonou-se pelos livros, especialmente os com imagens sacras, entendendo-os como uma ajuda para a oração e a fé.
Em 1539, na festa de São Sebastião, 20 de janeiro, ouve a pregação de João d’Ávila, futuro santo e Doutor da Igreja. Ocorre então a sua verdadeira adesão à Fé, tão intensa que começou a gritar pedindo perdão e misericórdia a Deus pelos seus pecados. Vendeu ou distribuiu tudo o que possuía e deu aos pobres, queimou os livros imorais e passou a se penitenciar publicamente, percorrendo a cidade, ferindo o peito com pedras e manchando o rosto com lama; pedia esmola para os necessitados, com o que se tornou um lema: “Fazei o bem, irmãos, a vós mesmos, ajudando os pobres”. Acharam que estava louco e o internaram no Hospital Real de Granada, um hospício, onde o tratamento aos pacientes era desumano, conforme (em parte) a ignorância da época sobre doenças mentais. Sofrendo cruelmente ele mesmo, percebeu então a vocação que Deus lhe dava, a de cuidar destes irmãos.
Acolhido, auxiliado e aconselhado por João d’Ávila, saiu do hospício em 1539 e visitou o mosteiro de Nossa Senhora de Guadalupe, para aprender o cuidado aos doentes. Voltou a Granada e alugou uma casa, onde atendia com amor e de forma adequada aos pobres e enfermos. A Casa Hospitalar de João de Deus começou a dar frutos, curando muitas pessoas com doença mental, para espanto da sociedade de então. Nascia assim uma Ordem religiosa, que ele veio a chamar de Ordem dos Irmãos Hospitaleiros.
Ajudava também, voluntariamente, aos internados no hospício. Ganhou simpatia, e finalmente conseguiu fundar a “Casa de Deus”, à qual se dedicou totalmente, um hospital para doentes incuráveis e moléstias contagiosas. Foi o primeiro a separar os doentes de acordo com as enfermidades e oferecer uma cama para cada interno. Pedia constantemente esmolas para o sustento da obra, com o seu antigo lema, adotando outro para os tratamentos: “Pelos corpos, às almas”. Antes de 1547, ganha dois ajudantes, e passam todos a usar um manto com uma cruz vermelha. Neste ano chegam mais discípulos, e o hospital é transferido para o prédio maior de um antigo convento na Encosta de Los Gomeles. No ano seguinte, vai a Valladolid pedir auxílio ao príncipe Felipe II, que lhe concede grandes esmolas. Logo inicia ali também uma “rede de assistência”. De volta a Granada, paga dívidas do hospital e consegue dotes matrimoniais para dezenas de mulheres.
Nos anos seguintes, arriscando a vida, salva os doentes de um incêndio no Hospital Real, fica gravemente doente mas esconde o fato dos médicos para não ser impedido de trabalhar, salva um garoto de afogar-se num rio — o que lhe agrava a broncopneumonia. Por obediência, muda-se então para a casa da família Pisa, onde fica mais confortável. O arcebispo o visita e promete manter o hospital.
A Ordem dos Irmãos Hospitaleiros foi confirmada, sob a regra de Santo Agostinho, em 1571, pelo papa Pio V. João tinha a convicção de que a cura espiritual auxiliava a cura física, e muitos dos seus pacientes foram testemunhas disso. O sucesso da obra levou à fundação de mais de 80 casas-hospitalares na Europa, inicialmente para doentes mentais e terminais, depois para todos os doentes. Atualmente, a Ordem Hospitaleira de São João de Deus é um instituto religioso internacional presente em 53 países (incluindo o Brasil), e são conhecidos popularmente como “Irmãos dos Enfermos” e “Fazei-o-bem-irmãos”.
São João de Deus faleceu em Granada, no dia 08 de março de 1550, ao completar 55 anos. É padroeiro dos doentes e hospitais junto com São Camilo, e dos enfermeiros e suas associações católicas.