Gisela nasceu em 985 na Baviera, Germânia (atual Alemanha). Filha do duque bávaro Henrique e de Gisela de Borgonha. Era a irmã mais nova de Henrique II da Alemanha, de Bruno, bispo de Augsburgo, e de Brígida, futura abadessa de Mittelmuenster.
Em 996 o rei Estevão da Hungria, por meio de emissários, a pediu em casamento. Gisela havia se consagrado a Deus no íntimo de seu coração, mas aceitou. Assim, em obediência e por providência divina, tornou-se a primeira rainha católica húngara. Através dela se converteu o rei, e com ele os seus súditos.
Gisela ajudou na construção e reparos de muitas igrejas, inclusive a catedral de Vezprim, para a qual doou ricos feudos. Fez questão de importar os mais destacados artistas da época, incluindo escultores gregos, para embelezar as obras. Além da importância religiosa e cultural que seu reinado obteve, sua benéfica influência política, através do casamento e da conversão da Hungria, permitiu que as boas relações com a Alemanha atravessassem os séculos.
Sofreu porém com a morte, primeiro de uma filha e logo depois de um outro filho. Suas outras duas filhas casaram e nunca mais as pôde ver, pois mudaram para lugares muito distantes. Em 15 de agosto de 1038, na festa da Assunção de Nossa Senhora, dia em que se consagrara anos atrás, seu esposo faleceu, sendo depois também canonizado. O filho Américo, que deveria sucedê-la no trono, igualmente morreu e foi canonizado.
Depois de tantas perdas familiares, os húngaros pagãos da oposição assumiram o poder e neutralizaram a sua influência junto ao povo, mantendo-a presa por vários anos e impedindo seu contato com quaisquer parentes do exterior, e confiscaram seus bens. Finalmente, em 1042, após vários anos de prisão, e de muitas negociações com o rei Henrique III, Gisela pôde retornar à Alemanha, onde se recolheu no mosteiro beneditino de Niedernburg na Baviera. Esta cidade era uma abadia principesca, significando que a abadessa eleita era, automaticamente, a princesa do Império Alemão. Por seus dons e experiência, pouco depois de sua entrada, Gisela foi eleita abadessa-princesa, governando com sabedoria e prudência.
Faleceu aos 80 anos, em 7 maio de 1065, e sepultada em Passau, na Baviera. Ficou conhecida como Santa Gisela da Baviera ou da Hungria, e seu culto, muito antigo, é ainda intenso no norte da Itália, na Hungria, Alemanha, França, por todo o Oriente, e nos países onde os beneditinos se instalaram.